DANNY Altmann, professeur d’immunologie à l’Imperial College de Londres, a admis que l’émergence de la variante Omicron du SRAS-CoV-2, hautement invasive pour le système immunitaire, a surpris la plupart des experts du domaine.

AUTEUR

WILL JONES

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POSTÉ LE

31 mars 2022

SOURCE

TCW

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Il a écrit dans le Guardian :

« Pour la plupart d’entre nous, spécialistes de l’immunologie et de la virologie, le déferlement de variantes à fort pouvoir d’invasion immunitaire était imprévu. Nous en étions venus à considérer la famille des coronavirus comme étant plutôt plus stable – moins sujette aux erreurs en termes de mutations – que de nombreux virus… Omicron et la sous-variante BA.2 ont réussi à muter presque tous les résidus d’acides aminés ciblés par les anticorps protecteurs, échappant ainsi à la protection. »

Il ne mentionne pas cette possibilité, mais cette nature inattendue d’Omicron est clairement compatible avec l’hypothèse selon laquelle la variante n’est pas d’origine naturelle. Plus tôt dans l’année, Noah Carl a examiné les preuves que la variante pourrait avoir fui d’un laboratoire. Je suis récemment tombé sur le site Web du biochimiste Valentin Bruttel, qui expose en détail les preuves de cette origine de laboratoire (attention toutefois, il a été traduit de l’allemand, le texte contient donc quelques erreurs de langue).

Le premier élément de preuve est l’histoire de l’évolution d’Omicron – son ancêtre commun le plus récent était une souche éteinte dans la nature et vue pour la dernière fois vers avril 2020.

« Les variantes normales du SRAS2 apparaissent lorsque quelques mutations (environ deux à six de celles de la protéine spike) s’accumulent dans le virus en circulation. Omicron (ligne rouge ci-dessous) est issu d’un virus de l’ancêtre commun le plus récent (MRCA) qui a été vu pour la dernière fois vers avril 2020, et a accumulé plus de 25 nouvelles mutations de la protéine spike dans un isolement complet. Cela signifie qu’Omicron évoluait à une vitesse jamais vue auparavant (3,3 fois plus vite) et sans infecter d’autres personnes. »

Le deuxième élément de preuve est le nombre très élevé de mutations non synonymes séquentielles (mutations qui modifient la séquence d’acides aminés) qu’Omicron a accumulées (ci-dessus).

« De nombreuses mutations non synonymes d’Omicron réduisent la capacité virale. Et dans la protéine de pointe d’Omicron avant l’épidémie, il y a 26 mutations non synonymes consécutives, sans une seule mutation synonyme entre les deux. Un tel nombre de mutations non synonymes consécutives n’avait jamais été observé auparavant dans des coronavirus naturels de type SRAS, mais quelques fois dans des coronavirus synthétiques« .

Le troisième élément de preuve est que presque toutes les mutations non synonymes d’Omicron sont apparues dans des publications scientifiques avant d’apparaître dans Omicron, un événement qui a été calculé comme étant statistiquement impossible.

« Les variants du SRAS2 héritent généralement de quelques mutations de la souche parentale, puis en développent eux-mêmes quelques-unes… Au lieu d’hériter uniquement des mutations parentales, Omicron a « copié » la quasi-totalité de ses mutations de pointe à partir d’autres variants (dont beaucoup sont apparus après son ancêtre commun le plus récent) ou de publications scientifiques. C’est un peu comme si vous héritiez directement des gènes non seulement de votre père, mais aussi de six cousins plus jeunes et de cinq camarades de classe que vous avez rencontrés pour la première fois à l’âge de sept ans. Presque toutes les mutations non synonymes d’Omicron étaient déjà connues environ six mois avant l’apparition d’Omicron. Celles qui ne sont pas des variantes étaient pour la plupart connues pour conférer une résistance aux vaccins, ou issues de publications associées aux vaccins. »

Le quatrième élément de preuve est que nous savons que des variantes d’Omicron étaient créées par des scientifiques – et que l’ancêtre commun le plus récent d’Omicron, bien qu’éteint dans la nature depuis plus d’un an, avait été stocké et cultivé à Durban, en Afrique du Sud, non loin de l’endroit où Omicron a été repéré pour la première fois.

« Nous savons que les fuites de laboratoire connues du public se produisent environ deux fois par an. Nous savons également que des scientifiques ont fabriqué en laboratoire des virus SRAS2 résistants aux vaccins en les cultivant avec des sérums dilués de donneurs vaccinés. D’autres ont fabriqué des protéines de pointe synthétiques polymutantes du SRAS2 contenant 20 mutations non synonymes connues pour leur permettre d’échapper au vaccin ou à d’autres variantes. Cette dernière expérience a été réalisée en laboratoire avec un pseudovirus, mais celui-ci peut également s’échapper et sa protéine de pointe peut alors être copiée dans le SRAS2 par un processus appelé commutation de modèle. Nous savons également que le laboratoire partenaire de ce laboratoire à Durban a collecté, congelé et cultivé par la suite exactement la variante du SRAS2 qui ne circule plus et à partir de laquelle Omicron a évolué. Il a également réalisé des expériences de culture de virus à partir de sérums de patients. Une telle fuite du laboratoire expliquerait l’extinction du virus de l’ancêtre commun le plus récent, son « évolution » isolée et l’inclusion précise des seules mutations non synonymes publiées.

Le cinquième élément de preuve est que les sociétés pharmaceutiques tentaient de créer un vaccin pan-variant basé sur une protéine de pointe comme celle d’Omicron, qui incorporait de nombreuses mutations clés des variantes en circulation. Un tel vaccin était testé sur des patients atteints du VIH en Afrique du Sud, où Omicron a été repéré pour la première fois.

Je me demande ce que le professeur Altmann pense de ces preuves, et si elles résoudraient pour lui le mystère de la variante inattendue hautement immunogène.

À mon avis, les preuves sont convaincantes, même si j’admets ne pas avoir vu les contre-arguments présentés. Elles renforcent l’idée que ce type de recherche est dangereux et qu’il est susceptible de faire plus de mal que de bien. Si certains peuvent dire qu’Omicron a apporté des avantages en étant une variante plus douce qui a donné à de nombreux pays la confiance nécessaire pour rouvrir, le fait est que nous ne savons pas ce qui se serait passé s’il n’était pas apparu. Dans un certain nombre de pays, la vague Delta semblait décliner avant l’apparition d’Omicron (voir ci-dessous), bien que nous soyons en décembre, période où les virus respiratoires prennent normalement leur essor – mais il est juste de dire que nous ne savons pas quelle autre variante aurait pu apparaître en l’absence d’Omicron.